A公司B公司扣发1000元工资的行为，可能引发以下法律风险，需您重点关注：
1. 公司可能面临行政处罚风险：若劳动监察部门认定A公司B公司扣发1000元工资违法，会责令公司限期补发工资，并处以罚款。例如，某地劳动监察大队曾对违法扣发工资的企业处以5000元罚款，并要求补发全部被扣工资。
2. 劳动者可能因证据不足无法维权：若您未收集到A公司B公司扣发1000元工资的直接证据（如工资条无公司盖章、银行流水未标注工资项目），仲裁或诉讼时可能因证据链不完整而败诉，无法追回被扣工资。
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针对您咨询的A公司B公司扣发1000元工资找哪个部门举报的问题，最直接的举报部门是劳动监察部门。
可以向当地劳动监察部门举报A公司B公司扣发1000元工资的行为。

1. 若A公司B公司扣发工资无合法依据（如无代扣个税、社保等法定情形，也无劳动合同约定的赔偿条款），可直接向劳动监察部门提交举报材料，要求责令公司补发工资。
2. 若扣发工资涉及跨地区（如A公司在甲地、B公司在乙地），可向劳动合同履行地或公司注册地的劳动监察部门举报，两地部门均有管辖权。
3. 若举报后劳动监察部门未及时处理，可进一步向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁程序维权。
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处理A公司B公司扣发1000元工资的举报时，存在以下特殊情况，会影响维权流程及结果：
1. 若A公司B公司扣发1000元工资是因您本人原因造成公司经济损失（如工作失误导致设备损坏），且劳动合同中明确约定了赔偿方式，则公司扣发行为可能合法。此时举报可能不被支持，需先与公司协商赔偿金额是否合理。
2. 若您同时与A公司B公司建立劳动关系，且对其中一家公司的工作任务造成严重影响，公司可能依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同并扣发工资。这种情况下，需先确认劳动关系是否合法，再判断扣发行为是否合理。
3. 若A公司B公司是关联企业（如母子公司），扣发工资的责任主体可能存在争议，需明确实际用工单位及工资支付主体，避免因举报对象错误导致维权延误。
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举报A公司B公司扣发1000元工资时，需避免以下常见的错误操作，以免影响维权效果：
1. 未保留关键证据直接举报：若未保存工资条、劳动合同等证明A公司B公司扣发1000元工资的材料，劳动监察部门可能因证据不足无法受理，导致维权无门。
2. 超过维权时效才行动：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若扣发工资已超过一年且未向A公司B公司主张过权利，可能丧失胜诉权。
3. 采用过激方式维权：如围堵A公司B公司办公场所、在网络上恶意诋毁公司，不仅无法解决扣发工资问题，还可能因扰乱秩序或侵犯名誉权被追究法律责任。

若您不确定自己的操作是否合法，建议及时向律师咨询，避免因错误行为导致维权受阻。

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